Với chức năng chỉ đạo tuyến dưới về chuyên môn và kỹ thuật cho ngành phụ sản toàn quốc (trong đó trực tiếp theo dõi 32 tỉnh, thành phố phía Bắc) ngay từ những năm đầu mới thành lập, công tác chỉ đạo chuyên khoa đã giữ một vị trí rất quan trọng ở Bệnh viện Phụ sản Trung ương.
Trong hoàn cảnh chiến tranh, nhân lực thiếu nhưng Bệnh viện vẫn thường xuyên cử cán bộ xuống tăng cường cơ sở giúp xây dựng mạng lưới chuyên khoa (như vậy 100% bệnh viện tuyến tỉnh và huyện thành lập được khoa sản, nhiều xã đã xây dựng được Trạm y tế - nhà hộ sinh). Ngoài xây dựng mạng lưới chuyên khoa cơ sở, thời kỳ 1966-1975 công tác chỉ đạo tuyến tập trung thực hiện có kết quả một số lĩnh vực như; giúp đào tạo cơ bản về bệnh phụ khoa, xây dựng phác đồ điều trị cho từng loại bệnh, tổ chức các hội nghị khoa học và xây dựng cơ sở điển hình kể từ đó triển khai trên diện rộng nhằm nâng cao chất lượng bảo vệ, chăm sóc sức khoẻ bà mẹ - trẻ sơ sinh và phục vụ có hiệu quả công tác kế hoạch hoá gia đình.
Từ sau ngày đất nước hoàn toàn giải phóng (1975), chức năng chỉ đạo tuyến của ngành được mở rộng tới các tỉnh, thành phố trong cả nước. Mặc dù phạm vi hoạt động rộng, địa bàn nhiều tỉnh xa xôi nhưng các đoàn cán bộ của Bệnh viện vẫn kiên trì bám trụ, giúp ngành y tế địa phương củng cố và xây dựng các khoa sản ở Bệnh viện tuyến tỉnh, huyện và đưa hệ thống các trạm bảo vệ bà mẹ trẻ em và sinh đẻ có kế hoạch đi dần vào hoạt động ổn định.
Trước năm 1993, khi chưa tách Hội Kế hoạch hoá gia đình, Phòng chỉ đạo chuyên khoa của Bệnh viện còn kiêm nhiệm luôn cả mảng kế hoạch hoá gia đình (KHHGĐ) và công tác truyền thông về KHHGĐ. Các đội KHHGĐ của Bệnh viện đã tham gia có hiệu quả tuyên truyền về các chiến dịch đặt vòng, triệt sản tại các tỉnh, tuyên truyền vận động nhân dân thực hiện KHHGĐ, thực hiện mô hình mỗi gia đình chỉ có 1-2 con. Phối hợp với các đơn vị chức năng của Bộ y tế, Phòng chỉ đạo chuyên môn còn tham gia soạn thảo các chế độ chính sách về sức khoẻ bà mẹ - trẻ em, tham gia thực hiện kế hoạch 5 năm KHHGĐ chu kỳ I với Uỷ ban Dân số.
Với những đóng góp tích cực, hiệu quả, Phòng Chỉ đạo chuyên khoa của Bệnh viện Phụ sản Trung ương đã tham gia thực hiện thành công các chiến lược quốc gia về KHHGĐ trong toàn quốc, đồng thời đang triển khai thực hiện dự án "làm mẹ an toàn", thực hiện mở rộng đào tạo chuẩn quốc gia về chăm sóc sức khoẻ sinh sản và bước đầu đã thu được những thành công nhất định trong việc giúp các Bệnh viện tuyến tỉnh, huyện nâng cấp chất lượng các dịch vụ chăm sóc sức khoẻ sinh sản.
Trực tiếp theo dõi 32 tỉnh, thành phố phía Bắc, những năm gần đây, Bệnh viện Phụ sản Trung ương tổ chức hàng trăm đợt đi tuyến để theo dõi các hoạt động BVBMTE/KHHGĐ tại cơ sở; tổ chức rút kinh nghiệm chuyên môn tại nhiều cơ sở; duy trì cuộc giao ban tuyến và khu vực. Ngoài tham gia giám sát một số dự án liên quan tới lĩnh vực sản phụ khoa, SĐKH và sơ sinh ( trong đó có dự án LMAT được triển khai ở các tỉnh Tuyên Quang, Hải Dương, Đắk Lắk, Thừa Thiên, Huế, Kiên Giang), các Bác sĩ, Kỹ thuật viên của Bệnh viện còn trực tiếp giúp đỡ và chuyển giao kỹ thuật mổ nội soi, cắt tử cung đường âm đạo, và một số kỹ thuật khác cho các bệnh viện tuyến tỉnh, đồng thời hỗ trợ Bệnh viện Phụ sản Hải Phòng và Viện Quân Y 103 triển khai thành công kỹ thuật hỗ trợ sinh sản IVF. Nhờ sự giúp đỡ của các Bác sĩ Bệnh viện Phụ sản Trung ương theo hình thức "cầm tay chỉ việc" đến nay bác sĩ tại các tỉnh: Thái Nguyên, Nam Định, Hà Nam, Thái Bình, Thanh Hoá, Nghệ An, Quảng Bình, Quảng Trị... đã có thể phẫu thuật nội soi, góp phần giảm số ngày điều trị và giảm đáng kể chi phí cho người bệnh, giúp người bệnh hồi phục sức khoẻ nhanh chóng hơn.
Kết hợp với các đơn vị hữu quan, Bệnh viện còn mở hàng chục lớp đào tạo cán bộ y tế thuộc các tỉnh Cao Bằng, Hà Tây, Gia Lai, Kon Tum, Đắk Lắk, Hà Nam, Quảng Trị, Bình Thuận, Kiên Giang... trong các lĩnh vực "Nâng cao kỹ thuật thực hành trong sản khoa", "Tư vấn sức khoẻ", "Nâng cao kiến thức về làm mẹ an toàn" v.v..., được các đồng nghiệp và lãnh đạo địa phương đánh giá cao về tính hiệu quả của những lớp đào tạo chuyên đề này.